El Museo de Macedonia (en macedonio, Музеј на Македонија, Muzej na Makedonija) es una institución nacional de la República de Macedonia y uno de los museos más antiguos del país, situado en el Antiguo Bazar de Skopie, en la capital del país. Surgió de la unión de los tres museos distintos dedicados respectivamente a la arqueología, la historia y la etnología. Fue fundado en el año 1924. Bajo el régimen comunista yugoslavo, en la República Socialista de Macedonia, el museo se llamaba Museo Popular de Macedonia.
El museo ocupa 10.000 metros cuadrados, compuestos por dos edificios principales: un moderno y el Kourchoumli An, antiguo caravasar otomano construido en el siglo XVI.
Se divide en varios departamentos: